Para configurar el plugin Verifactu debes:
Consulta primero el ámbito de aplicación, modalidades y plazos de adaptación.
Ve al menú Administrador → Plugins, busca el plugin Verifactu y pulsa activar (si todavía no está activado).
Ve al menú Administrador → Empresas, haz clic en la empresa y en la siguiente pantalla, en el apartado Verifactu pulsamos Añadir certificado Verifactu selecciona tu certificado digital y la contraseña.

La configuración es bastante sencilla:
Una vez este configurado verás el botón abajo del todo Cambiar certificado Verifactu, donde mostrará una ventana flotante para subir un nuevo certificado con su contraseña y cambiar el certificado actual y Comprobar Verifactu, el cual comprueba que este todo bien configurado.
Al cargar el certificado el sistema leerá el mismo para verificar si es válido, ademas de obtener los datos correspondientes para saber si es un certificado de tipo sello, de representante y su fecha de vencimiento. El cron avisará a todos los administradores del sistema 14 días, 7 días y 1 día antes de su vencimiento para que suban un certificado actualizado.
El plugin permite trabajar en modo Verifactu y NO-Verifactu, pero dicha configuración se hace a nivel del ejercicio. Una vez elegido un modo para el ejercicio solo se podrá cambiar si no tiene registros ya vinculados, en caso contrario no se podrá cambiar.

Siempre que se intente realizar una acción, el plugin verificará si la empresa está bien configurada. La pestaña de Verifactu, dentro de la factura, no aparecerá a menos que se cumplan estas condiciones:
Recordamos: En la ficha de la empresa en la parte inferior encontraremos un botón para "Comprobar verifactu", que nos ayudará resolviendo problemas cuando no cumplimos las validaciones y no sale la pestaña.
Resumiendo, si no se cumplen las condiciones anteriores, no aparecerá la pestaña Verifactu en la factura.
Entre las exclusiones del reglamento están quienes llevan sus libros del IVA mediante el SII y quienes están sujetos a normativa foral en la imposición directa en el País Vasco o Navarra. No basta con estar ubicado en un territorio para determinar qué normativa se aplica.
Consulta los supuestos y exclusiones de la AEAT.