Activa primero el plugin StockAvanzado si aún no lo has hecho. Una vez activado, sigue estos pasos para crear un conteo de stock:
Cuando guardes el conteo, se habilita la sección de introducción de líneas en la parte inferior. Puedes añadir productos por código de barras o por referencia; el sistema está diseñado para una introducción rápida. En cada línea puedes modificar la cantidad real desde el icono azul de la columna "Cantidad".
Puedes trabajar el conteo en varias sesiones: el stock no se actualizará hasta que pulses el botón "Actualizar stock".

Se generará un movimiento de almacén llamado ConteoStock que fija el stock en la cantidad contada. Los movimientos posteriores parten de esa cantidad. Ejemplo:
Si te equivocas en un conteo ya completado, haz un nuevo conteo con las cantidades correctas. Si en cambio borras el conteo, el plugin recalcula automáticamente en segundo plano los movimientos y el stock de sus productos a partir del resto de movimientos, sin las cantidades de ese conteo. Puede tardar unos instantes en verse reflejado.
Este botón te permite cargar todos los productos o solo los de una familia, y elegir si introducirlos con stock a cero o con el stock actual. Así no tienes que añadir los productos manualmente uno a uno, lo que acelera mucho el proceso.

Ve a Administrador → Plugins, busca StockAvanzado y pulsa el botón Activar.