Activa primero el plugin StockAvanzado si aún no lo has hecho. Una vez activado, sigue estos pasos para crear un conteo de stock:
Cuando guardes el conteo, se habilita la sección de introducción de líneas en la parte inferior. Puedes añadir productos por código de barras o por referencia; el sistema está diseñado para una introducción rápida. En cada línea puedes modificar la cantidad real desde el icono azul de la columna "Cantidad".
Puedes trabajar el conteo en varias sesiones: el stock no se actualizará hasta que pulses el botón "Actualiza stock".

Se generará un movimiento de almacén llamado ConteoStock que ajustará la diferencia entre la cantidad anterior y la nueva. Ejemplo:
Si hay algún error o borras el conteo, deberás reconstruir el stock desde: Productos → Stock → Reconstruir stock (Varita mágica).
Este botón te permite cargar todos los productos o solo los de una familia, y elegir si introducirlos con stock a cero o con el stock actual. Así no tienes que añadir los productos manualmente uno a uno, lo que acelera mucho el proceso.

Ve a Administrador → Plugins, busca StockAvanzado y pulsa el botón Activar.