Puedes añadir anticipos en pedidos muy fácilmente. Tan solo tienes que abrir el pedido (desde el menú Ventas, Pedidos) y en la pestaña de pagos añadir el importe, la forma de pago, unas observaciones (si quieres) y pulsar el botón guardar.
Puedes todos los anticipos que quieras, siempre que no superen el importe del pedido. Una vez apruebes o factures el pedido, los pagos se copian a la factura como recibos, quedando un recibo con la cantidad pendiente de pago.
Y si agrupas los pedidos, sus anticipos también se agrupan en la factura generada.